Bağırsak florası bozukluğu ve Bağırsak florasını düzeltmek
Midede bir bölümü, incebağırsakta ise tümü sindirilen besinler, hemen hemen tümüyle emilir. Kalınbağırsağın ikinci bölümüne yalnızca az miktarda yağ, etlerden bir miktar kas lifi ve bu besinleri kılıf gibi çevreleyen selüloz (temel nişastadan alınır) geçer.

Bağırsak florasının bozukluğu ve düzeltmek
Bu noktada bakteriler sindirim sürecine katılırlar. Normalde kalınbağırsakta yaşayan bu bakteriler. Bağırsak florasını oluşturur. Çıkan kalınbağırsak bakterileri esas olarak eritici etki gösterir; yani selülozu ve nişastayı parçalar; inen kalınbağırsak bakterileri ise öncelikle proteinleri eritir. Bakterilerin nişasta üzerindeki mayalayıcı etkisiyle yağ asitleri ve karbondioksit oluşur; bağırsak bakterilerin besinlerle alınan ya da bağırsağın salgı mukozası hücrelerince yapılıp salgılanan proteinler üzerindeki kokuşturucu etkisiyle de, kokulu cisimler ve amonyak ortaya çıkar.
Bağırsak florasının dengesi önemlidir, yani mayalanma ve kokuşma süreçlerinin dengede olması, birinin öbüründen üstün olmaması gerekir. Bu denge de alınan besinlerin nitelik ve nicelik açısında dengeli olmasına bağlıdır. Örneğin kalınbağırsağa fazla protein gelirse, kokuşmaya yol açan bakteriler üstünlük kazanır( ya da tam tersi) . Bu nedenle kalınbağırsak işlevinin dengeli olması incebağırsağın da iyi çalışmasına bağlıdır.
Ayrıca günümüzde sık görülen düzensiz antibiyotik kullanımı sonucunda mayalanma ya da kokuşma yapan bakteriler ölebilir ve bağırsak boşluğunda yalnızca antibiyotiklere dirençli birkaç bakteri türü kalabilir. Özellikle ağız yoluyla geniş etkili antibiyotiklerin uzun süre kullanılması, bağırsakların normal bakteri yapısını bozabilir. Son yıllardaki araştırmalar, bu olgularda oksijensiz ortamda yaşayabilen bakterilerin denetimsiz bir biçimde çoğaldığını göstermektedir.